Unsur penunjang merupakan perangkat pelengkap akademi yang menunjang penyelenggaraan Tri Dharma Perguruan Tinggi.
1. Perpustakaan
Perpustakaan sebagai unsur pelaksana teknis akademi yang berfungsi menunjang proses belajar dan mengajar, program penelitian dan pengabdian pada masyarakat. Koleksi yang dimiliki oleh perpustakaan APEKA meliputi buku, majalah ilmiah, jurnal, LTA, laporan ilmiah dan bahan-bahan lain yang berkaitan dengan kurikulum. Perpustakaan saat ini di ketuai oleh Ir. Lusia Risyani PM, M.P dan dibantu oleh satu orang staf perpustakaan.
2. Unit Usaha
Unit Pelaksana Teknis dan Kewirausahaan mempunyai tugas pokok dan fungsi sebagai Koordinator teknis pelaksanaan praktek mata kuliah yang melibatkan aset usaha yang dimiliki akademi dan pengembangan budaya kewirausahaan di APEKA. Aset usaha ini meliputi usaha dibidang unggas, sapi potong, domba, sapi perah dan pengolahan hasil serta pendayagunaan lahan dan kandang. Kepala UPTU saat ini adalah Ir. Damaryanto Widharto, M.Si dan Ir. Nur Endang Sukarini , MP selaku wakil kepala UPTU serta dibantu oleh 1 orang tenaga yaitu Mulyadi.
3. Laboratorium Dasar
Laboratorium Dasar adalah laboratorium yang digunakan untuk mengembangkan praktikum pada mata kuliah-mata kuliah dasar seperti fisika, kimia, biokimia, genetika dan biologi. Penanggung jawab Laboratorium Dasar adalah Ketua Jurusan.
4. Unit Kehumasan dan Informasi Kerja
Tugas pokok dan fungsi dari unit ini adalah untuk mengkoordinasikan berbagai upaya dalam membangun relasi dan citra positif akademi di masyarakat serta menghimpun dan mengelola alumni dalam aksesnya ke dunia kerja. Ketua UKIK dijabat oleh Ir. Lusia Risyani PM, M.P.
5. Majalah Dian Adhini
Majalah Dian Andhini merupakan media bagi dosen, alumni dan pemerhati bidang peternakan untuk menuangkan karya-karya ilmiah seputar perkembangan bidang peternakan baik berupa hasil penelitian maupun kajian pustaka. Majalah ini terbit secara rutin 2 kali dalam setahun yaitu setiap bulan Maret dan September. Ketua Dewan Redaksi saat ini adalah Ir. Lusia Risyani Padmaningdyah Mahagiani, MP dan sekretaris Ir. Puji Astuti, MP. Penanggung jawab saat ini adalah Ir. Damaryanto Widharto, M.Si selaku Ketua P3M dan dibantu oleh 1 orang tenaga yaitu Astari Ratnaduhita, S.TP
6. Pusat Penjaminan Mutu (PPM).
Mengkoordinasikan kegiatan-kegiatan monitoring dan evaluasi pelaksanaan mutu akademi dalam membangun rencana kerja dan pengembangan institusi. Saat ini Ketua PPM dijabat oleh Ir. Nur Endang Sukarini, MP